Книга получила в целом положительные оценки критиков. Роман номинировался на Всемирную премию фэнтези и премию журнала «Локус». В России он получил специальную премию «Мира фантастики» как «Самая долгожданная книга» и победил в опросе «Лаборатории фантастики» на «Лучшую переводную книгу — 2012».
В журнале «Мир фантастики» Александр Гагинский отметил, что стиль книги больше похож на пратчеттовский, чем на геймановский, напомнив о признании соавторов, что Пратчетт написал большую часть книги. «Мир фантастики» похвалил книгу за постмодернистское обыгрывание образов из Библии и мистических произведений, гуманистическую мораль («Судьбу Земли должны решать не высшие силы, а те, кто живёт на ней. Люди») и сатиру на современное общество, но отметил такой недостаток как обилие бесполезных для сюжета второстепенных персонажей. Мария Гинзбург в вэбзине «Darker» рассматривает «Благие знамения» в первую очередь как вариацию истории из фильма «Омен», отмечая что Гейман и Пратчетт «сумели рассказать её по-новому, наполнив сюжет противостояния Света и Тьмы совершенно иным, светлым и грустным смыслом». Василий Владимирский в газете «Книжное обозрение» отзывался о книге более негативно: по его мнению, авторы не смогли определиться с целевой аудиторией, поэтому мораль книги слишком прямолинейна, а «масштаб событий слабо соотносится с главным мессаджем».