До появления данной книги автор Андрей Буторин написал для «Вселенной Метро 2033» литературную трилогию «Полуостров надежды». Читатели были заинтересованы в написании четвёртого романа, продолжающего события «Севера», однако возможности продолжить эту трилогию в рамках книжной серии не существовало. В 2013 году в своей открытой гостевой книге Андрей Буторин неофициально заявил о том, что, возможно, его четвёртая книга для «Вселенной Метро 2033» будет, однако с другими героями и местом действия.
Андрей Русланович решил сделать местом действия своего романа Вологодскую область России потому, что имеет там родственников. В Великом Устюге родилась его ныне покойная мать Галина Васильевна Буторина, в селе Ильинское живут его родственники.
В романе затронута тема ксенофобии. По словам Андрея Буторина, данным романом он хотел показать существующее в реальном мире неприятие обычными людьми людей с отклонениями и доказать, что такие люди имеют право на полноценную роль в обществе.
По словам Андрея Буторина, автором стихотворения, присутствующего в романе, является его коллега Ольга Тетерина.
19 марта 2014 года был официально анонсирован новый роман Андрея Буторина «Мутант», на официальных ресурсах «Вселенной» был опубликован фрагмент обложки книги. 20 марта было обнародовано полное изображение обложки, а также мнение Андрея Буторина об этой работе Ильи Яцкевича.
Писатель, в целом, положительно оценил обложку: по собственным словам, он немного по-другому представлял себе как задний план обложки (в романе город разрушен сильнее, чем на изображении), так и самого главного героя (Буторин представлял его себе более страшным, но и более симпатичным). Вместе с тем, по словам писателя, «такое ви́дение имеет полное право на существование».
Роман появился в широкой продаже в апреле 2014 года.