Возвращаясь с работы, Смилла Ясперсен становится свидетелем трагических событий: с крыши дома, где она живёт, сорвался маленький мальчик. Его зовут Исайя, он сын соседки-алкоголички. Смилла заботилась о нём, пока он был жив. Она поднимается на крышу в попытке понять, каким образом на крыше оказывается мальчик, боявшийся высоты. По следам на снегу она понимает, что Исайю преследовали. Она сообщает о своих подозрениях инспектору, но тот решает квалифицировать дело как несчастный случай и не возбуждать расследования.
Смилла принимает решение разобраться во всем самостоятельно. Она разговаривает со всеми, кто так или иначе имел отношение к Исайе, его матери или гибели его отца Норсака Кристиансена. Смилле удаётся выяснить, что мальчика регулярно обследовали в больнице, а перед самой отправкой в морг кто-то взял у него образцы тканей на биопсию. Результаты вскрытия оказываются засекреченными.
В поисках ответов на вопросы Смилле помогает механик Питер, который также живет в их доме. Между Смиллой и Питером завязывается романтическая связь.